Ante la mala temporada, el presidente Julio de Miguel dimitió tras 12 temporadas al frente del club y puso en marcha la convocatoria de las primeras elecciones democráticas en la historia del club y el 6 de junio de 1973. Salió elegido como nuevo presidente Francisco Ros Casares. Los últimos partidos del Trofeo Independiente se disputaron aquí, inclusive la final entre La Prensa y Estudiantil Caballito, siendo vencedor el primero por 3-0, curiosamente el árbitro del partido fue el presidente de Independiente, Arístides Langone. En el partido de vuelta, en el mítico estadio Maracaná de Río de Janeiro, perdió 1-0 con un tanto de Romário, el Balón de Oro de la última Copa del Mundo. El Rojo, que se encontraba sin técnico, cayó 1-0 en el estadio Centenario, con Ricardo Pavoni como DT interino. El Rojo, entrenado por Américo Gallego, tenía un plantel integrado entre otras figuras por Gabriel Milito, Federico Insúa, Daniel Montenegro y Andrés Silvera, siendo este último el goleador del campeonato con 16 goles.
En la final jugó contra el Flamengo; ganó 2-0 en la ida, con goles de la Chancha Mazzoni y Cristian Domizi. En octavos de final se enfrentó a un Atlético Tucumán que venció al Rojo en el norte argentino por 1-0, resultado que en el estadio Libertadores remontó por 2-0. Estuvo a punto de quedar eliminado cuando con el correr del segundo tiempo el árbitro sancionó un penal inexistente para el Decano donde la pelota pegó en un brazo, que resultó ser de un jugador de Atlético, que Martín Campaña se encargó de atajarlo derivando en el segundo gol de Independiente. El Kun debutó en el Rojo con apenas 15 años cumplidos de la mano del entrenador Oscar Ruggeri, con lo que se convirtió como el jugador más joven en debutar en el fútbol argentino. En 2006 el jugador Sergio Agüero fue transferido al Club Atlético de Madrid por una cifra récord de 23 millones de euros teniendo 18 años, que se mantiene aún hoy como la venta más grande del fútbol argentino. El juego en el fútbol fluye libremente, y se detiene solamente cuando la pelota sale del terreno de juego o cuando el árbitro decide que debe detenerse.
El objetivo del juego era hacer pasar una pelota entre dos postes verticales y por debajo de una cinta que los unía, y el equipo que marcaba más goles era el ganador. Mientras tanto el equipo cayó derrotado en las tres primeras jornadas de liga dando una muy mala imagen, sobre todo Jorge Valdano en El Sardinero al dejar a su propio equipo con un hombre menos al incluir cinco jugadores extracomunitarios sobre el terreno de juego (en lugar de los cuatro reglamentarios). Finalmente el deseado ascenso se certificó a falta de tres jornadas de terminar el campeonato, en la noche del 30 de mayo de 1987 con la victoria 2-0 al Recreativo de Huelva con goles en el segundo tiempo de Subirats y Quique. Decisión acertada a posteriori, ya que a continuación llegaron tres victorias consecutivas para terminar el año. En otro viaje a Japón, al año siguiente, los Rojos jugaron la Recopa contra Gremio, a partido único en Kobe, pero esta vez no le hizo frente el último campeón de la Copa Libertadores y fue goleado 4-1. Los brasileños se pusieron arriba temprano en el marcador a lo cual Independiente consiguió igualar rápidamente a través de Jorge Burruchaga, pero vivió un pésimo segundo tiempo y se llevó tres goles más.
El defensor Gabriel Milito originario de Independiente obtuvo el Olimpia de Plata al Futbolista del año en Argentina y fue transferido al Real Zaragoza español y posteriormente tuvo un buen paso por el FC Barcelona, ganando varios títulos con el conjunto catalán. En instancias iniciales de la Supercopa empató con el Santos tanto en Argentina como en Brasil, triunfando en los penales como visitante. El difícil River Plate de Enzo Francescoli comenzó triunfando 0-2 en Avellaneda pero el Rojo alcanzó el empate con goles de Javier Mazzoni, y luego se dio el lujo de eliminar a River en el Estadio Monumental en la definición por penales, donde relució el arquero Faryd Mondragón, que ya había tapado un penal en octavos contra Santos. Pero con las actuaciones del Rolfi Montenegro se adaptó a la categoría y, con importantes goles de Sebastián Penco, más otros de Facundo Parra, Independiente alcanzó el tercer lugar del campeonato en el cual finalizó empatado en puntos con Huracán, con quien protagonizó un partido desempate por el último ascenso.