Durante el Inicial 2012 sufre altibajos que lo ubican al final del torneo por debajo de los diez primeros. En el Torneo Final 2014 se salva del descenso ganándole a Gimnasia y Esgrima de La Plata por 2 a 0. En el segundo semestre del año no logra una buena campaña con Pablo Quatrocchi como DT solo con 2 victorias y terminando último camiseta del atletico de madrid con 12 puntos.
A partir del 1 de septiembre de 2022 Mauricio Navarro se desempeña como presidente de Atlético Nacional. El equipo de Luis Aragonés, quien a su retirada se había convertido en el entrenador, derrotó al Club Atlético Independiente para conquistar el título con sendos goles de Irureta y «Ratón» Ayala en el encuentro de vuelta. ¡Al palo Iago Aspas! ↑ AS, Diario (18 de febrero de 2018). «José Francisco Molina es cesado del Atlético San Luis».
