El equipo de fútbol pronto comienza su participación en la División Intermedia, segunda división de los torneos organizados por la Asociación Argentina de Football (AAF). En 1993 fichó a Hugo Sánchez, camiseta atletico de madrid descendiendo pese a ello a Segunda División. En enero de 1947 el club pasó a llamarse Club Atlético de Madrid, adoptando además un nuevo escudo, similar al utilizado en 1917, pero con cuatro rayas rojas.
En este campeonato regional es donde se registra el primer encuentro oficial entre los primeros equipos de ambos clubes el 2 de diciembre de 1906 con resultado de 2-1 para los madridistas. Los encuentros ante el Cartagena se disputaron el 7 de marzo en El Almarjal y el 28 de marzo en el Stadium Metropolitano, y ambos se saldaron con sendas victorias athléticas, por 2-1 y 4-1 respectivamente. Un récord que le tuvo sin ser batido en competición liguera desde el 25 de noviembre de 1990 hasta el 17 de marzo del año siguiente, un total de 14 jornadas.
